در زمان سلجوقيان، اسماعيليان بر طبس استيلا يافته و قلاع محكمي در كوههاي آن ساختند. مهمترين اين قلعه ها قلعه معروف براي تربيت فدائيان مطلق مي باشد. طبس در اين زمان پايتخت اسماعيليان قهستان، و نيز مركز آموزش فدائيان مطلق (كه مستقيماً از قلعه الموت دستور مي گرفتند) بوده است.

در خراسان در آن زمان چند قلعه جديد بود كه در دوره سلجوقيان بنا شده بودند و سبك ساختمان قلاع مزبور نشان مي داد كه از ابنيه تازه بوده است. اما سبك بناي قلعه طبس آشكار مي كرد كه در يكي از دوره هاي گذشته بنا گرديده، شايد در دوره اي هنوز اسلام به خراسان نيامده بود. قلعه در ميان كوه به طوري بنا شده بود كه وقتي كسي از قلعه خارج مي شد و به آن مي نگريست متوجه مي گرديد كه كوه با يك سربالايي خيلي ملايم به طرف بالا مي رود. شيب كوه از خارج به سوي قلعه بقدري كم بود كه در موقع راه رفتن شخص احساس نمي كرد كه از يك سربالايي بالا مي رود. بهمين جهت شيب مزبور مانع از اين نمي شد كه از پايين كوه قلعه طبس را در بالاي كوه مشاهده ننمايند. در چهار طرف قلعه وضع كوه همين طور بود و در چهارسمت، زمين با يك شيب ملايم به سوي قلعه مي رفت و در هر سمت مجراهاي مخصوص از خارج منتهي به قلعه مي شد. سازندگان قلعه، بدين سبب زمين را نسبت به قلعه داراي شيب كرده بودند كه آب باران و برف از چهار سمت به سوي قلعه برود و از راه مجاري مخصوص وارد مخازن آب شود، چون به طريق ديگر نمي توانستند در آن كوه براي سكنه قلعه آب فراهم نمايند. همچنين وضعيت فيزيكي قلعه به گونه اي بود كه دروازه قلعه احتياج به نگهبان نداشت. براي اينكه از هيچ طرف امكان صعود از كوه ميسر نبود و كسي نمي توانست خود را به قلعه برساند و هيچكس نمي توانست بعد از خروج از قلعه از كوه پايين برود مگر اينكه خود را پرت كند كه در اينصورت لاشه اش به زمين مي رسيد. در طرفهاي مشرق و مغرب و شمال قلعه فقط كوه بود و جز قلل كوهها چيز ديگري به چشم نمي خورد. اما در قسمت جنوب يك وسعت روشن وجود داشت كه آنجا جلگه اي بود بنام طبس و چون قلعه مزبور نزديك به اين جلگه بود، اسماعيليان آنرا «قلعه طبس» مي گفتند.

    نكته: اسماعيليان در سراسر كشور قلاع زيادي داشتند كه دور از چشم ماموران حكومتي، در آنها فعاليت مي كردند. قلعه طبس، يكي از اين قلعه ها بوده كه وظيفه تربيت فداييان اسماعيليه را بر عهده داشته و بدين سبب از اهميت خاصي برخوردار بوده است. برخي اين قلعه را به اشتباه، قلعه الموت مي خوانند. در حالي كه قلعه الموت، مركز حكومت حسن صباح و در كوه الموت، نزديك قزوين، واقع بوده است.