اولين اقوام ساكن طبس و در واقع اجداد طبسي ها دامدار و در غارهاي مجاور چشمه سارها ساكن بوده اند كه هنوز آثاري از آنان باقي است.
در دوره هخامنشيان و قبل از آن طبس مرزبان نشين تابع ايالت شاه نشين پارت (خراسان بزرگ) بوده است.
در دوره اشكانيان طبس پادگان نظامي مهم مرزهاي غربي آنان محسوب مي شد و گاهي دست بدست مي شده است.
در زمان سلوكيان طبس از نفوذ فرهنگي و يورش نظامي آنها بدور ماند و در عين حال به پادگان بزرگ نظامي ايزد خواست (يزد) باج (ماليات) مي داد .
در دوره ساسانيان طبس همانند دوره هخامنشيان بود. يزدگرد سوم آخرين امپراطور ساساني در گريز به سمت مرو چند ماه در طبس اردو زد.
در تمام طول اين مدت طبس به عنوان پل ارتباطي شرق ـ شمال شرق با غرب بوده، يعني راه مهم و سوق الجيشي پارت و هگمتانه و شوش و بين النهرين به پاسارگاد از طبس مي گذشته و راهدارها در رباط ها و چاپارخانه هاي بسياري در مسير آن احداث شده بود كه بقاياي برخي موجوداست.
طبس در زمان عمربن خطاب ( سال 29 الي 30 هجري قمري)توسط سربازان اسلام به فرماندهي عبدالله بن بديل خزاعي از شمال غرب طبس وارد و قلعه چارده (جوخواه امروز) را متصرف شدند و آماده نبرد با سپاه طبس مي شدند. مردم طبس صلح خواستند و با 60000 درهم خراج ساليانه صلح گرديد. اين فتح موجب مسرت فراوان عمر بن خطاب، خليفه دوم شد و دولت ارشد طبس را بعنوان مطلع الفجر و دروازه خراسان ناميدند. در زمان خلافت اميرالمؤمنين مردم طبس به اسلام گرويدند و آن حضرت خراج را به آنان بخشيد.
در زمان حكومت امويان و مروانيان وضع به همين منوال سپري شد در حاليكه مالياتهاي سختي از مردم گرفته مي شده است. زيرا كوير سوزان و صعب العبور مركزي يك مانع طبيعي و سخت براي عبور دادن لشكر و تجهيزات محسوب مي شد. طبس از حمله مغول آسيبي نديد و پذيراي مهاجرين بسيار بوده است.
از آن زمان حوادث تاريخي زيادي را به خود ديده است .
در زمان قاجار و رضا شاه به صورت حاكم نشيني اداره مي گرديده و قلمرو آن شامل گناباد – فردوس – رباط پشت بادام و قسمتي از كرمان و در مقاطعي بسيار فراتر از آن بوده است كه بتدريج شهرهاي يادشده از قلمرو آن خارج و تا سطح بخش تنزل يافته است. مجدداً در سال 1339به شهرستان تبديل گشته است.
در زمان سلجوقيان، اسماعيليان بر طبس استيلا يافته و قلاع محكمي در كوههاي طبس ساختند. طبس در اين زمان پايتخت اسماعيليان قهستان بوده است و نيز مركز آموزش فدائيان مطلق كه مستقيماً از قلعه الموت دستور مي گرفتند.
سياحاني چند مثل ناصر خسرو قبادياني (445 هـ.ق.) در آن دوره از طبس بازديد و از زيبايي طبس و حكومت گيلك بن محمد به عظمت ياد كرده و از وجود امنيت بسيار و رعايت دقيق احكام شرع سخن به ميان آوردند.
با استيلاي تيموريان طبس تابع حراست بوده و سپس با ضعف آن نظام ازبكهاي مهاجم چندين بار به طبس يورش آورده و دختران و پسران بسياري را به قتل رساندند. زيرا در برابر برده شدن و انتقال آنها به بين النهرين مقاومت مي نمودند. در اوايل دوره صفويه مردم طبس سنتي و متعصب بودند و بسختي با شاه اسماعيل صفوي جنگيدند.
محمد افغان با حمايت مالي و تسليماتي كمپاني هند شرقي (انگلستان) شهرهاي شرقي ايران از جمله طبس را گرفت و سپس به كرمان و اصفهان رفت. طبس بعداً توسط نادرشاه از وجود مهاجمين افغاني پاكسازي و نامبرده حاكم جديدي از اعراب شيباني را در طبس به حكومت گمارد كه 7 نسل متوالي تا دوره پهلوي بر طبس حاكم بودند و حاكم نشين طبس از آن دوره تا سال 1380 هجري شمسي تابع خراسان به مركزيت مشهد مقدس بوده است. قلمرو حكومتي طبس شامل: گناباد ، فردوس ، بشرويه ، بجستان ، دستگردان ، رباط پشت بادام و قسمتي از شمال كرمان بوده است. از ميان امراي شيباني طبس اميرحسن خان در عمران و آبادي طبس بسيار كوشيد. تالار آيينه نشان، عمارات باشكوه و منبت كاري، استخرهاي آب باشكوه با نوارهاي چرخان و طلاكوب يا سيمكوب، باغها و كوشكهاي باصفا، خيابان بندي طبس و كانال كشي انهار، هرس درختان بر اساس طرحهاي هندي، احداث آب انبارها، احداث حمامهاي بزرگ و تميز و مساجد و تكايا و... از اقدامات وي و دولت يا اعقاب اوست.
در سال 1355 طبس به عنوان يك شهر باستاني شناخته شده و تغيير و تخريب آثار قديمي آن ممنوع شد. دو سال بعد، زلزله مخرب 25 شهريور 1357 طبس را بكلي ويران نمود و حدود 25000 تن قرباني گرفت.
در سال 1380 با تصويب هيأت دولت شهرستان طبس مشتمل بر دو بخش و هشت دهستان از استان خراسان منتزع و به استان يزد الحاق گرديد و به عنوان دهمين شهرستان آن استان شناخته شد. در سال 1381 بخش مركزي طبس به دو بخش مركزي و ديهوك تقسيم شد و در حال حاضر شهرستان طبس داراي سه بخش مركزي، دستگردان و ديهوك مي باشد.
مردم طبس از ابتدا شيعه اثني عشري بوده اند و بجز دورة حكومت اسماعيليه گزارشي از وجود مذهبي غير از اثني عشري در اين شهر ثبت نشده است.
از نامهاي قديم شهر مي توان به تبس، طبسين،طبس گيلك، طبس قهستان و از نامهاي جديد طبس گلشن و ميقات الرضا (ع) اشاره كرد. مردم محل ، تا ريخ تأسيس شهر را مربوط به 6000 سال قبل مي دانند .
"در 20 كيلومتري طبس امروزي ، دهي است كه نام فعلي آن كريت مي باشد و در متون تاريخي و جغرافيايي كرين و كري آمده است . چنان كه د ركتاب حدود العالم كه در قرن چهام نوشته شده ، ترشيز، گناباد ، تون و كري ( كريت ) شهركهايي اند از حدود قهستان و نيشابور با كشت و بذر بسيار . " ( حدود العالم من المشرق الي المغرب با مقدمه بار تولد كابل ، 1342، ص387 ).اين روستا كه قبلاً كوچكتراز طبس بوده همراه با طبس خرما ، طبسين را تشكيل مي داده اند . مقدسي در مورد اين طبس كه آن را طبس خرما مي داند ، مي گويد : كه دژي دارد، بازارش كوچك و جامعش خوب است . از آب انبارهايي كه از كاريزهاي رو باز پر مي شود ، مردم مي آشامند . در آنجا گرمابه هاي نيكو ديدم . اما طبس عناب كه طبس مسينان نيز ناميده مي شود در شرق قاين مي باشد . مقدسي درباره اين طبس نيز مي گويد : عناب بسيار دارد ؛ دژ آن ويران است ، نهرجاري دارد ، نخلستان و كاريز نيز دارد . اما تون در ميان راه قاين به طبس است و فاصله آن از طبس آنچنان نزديك نيست كه بتوان هر دو را يك شهر ناميد . چنان كه امروزه نيز در نقشه ها نمودار است . با در نظر گرفتن توصيف اصطخري و ديگر جغرافي نويسان مسلمان و با توجه به اين كه در كتاب فتوح ، طبس خرما را اولين شهري مي دانند كه در خراسان به دست مسلمانان فتح شده است ، روشن مي شود كه لفظ طبسين كه اعراب مخصوصاً در صدر اسلام به كار مي بردند و به آن عنوان دروازه خراسان داده بودند ، همين طبس خرما بوده است . در عين حال نمي توان نوشته هاي ساير كتب تاريخي را بي ارتباط با نام طبس دانست . بر اين اساس طبس مورد اشاره در تاريخ حافظ ابرو( نوشته اوايل قرن نهم هجري) را مي توان متشكل از دو شهر يا قصبه بزرگ دانست. به اين شرح كه طبس مورد اشاره د راين كتاب شامل طبس گيلكي و رقه ( قصبه كوچكي د ر60 كيلومتري طبس ) است . اين توضيح در ساير اسناد و مدارك نيز ديده مي شود . به عنان مثال جيهاني در نيمه قرن چهارم هجري ، طبس و كريت را يك شهر دانسته و مي نويسد: طبس كريت شهري است خردتر از قاين و از جمله گرمسير است . ياقوت در وصف ده كريت م يگويد : كرين(كريت) ، دهي از دهات طبس است ، از نواحي قهستان ... و گفته شده آن يكي از دو طبس است .
اهميت و آبادي طبس را در سده چهارم هجري ، مقدسي با عبارتي روشن تر و مفصل ترخاطر نشان كرده
است . جايي كه در وصف قهستان مي گويد : سرزمين پهناوري است كه 80 فرسنگ سنگين در 80 است ولي بيشتر آن را كوهها و دشتهاي خشك و بي درخت فرا گرفته است . قصبه آن قاين و شهرهايش :...طبس عناب، رقه ، خور، خوشت /و كري مي باشند . ( مقدسي، محمد بن احمد، احسنالتقاسيم في معرفه الاقاليم ، ترجمه علي نقي متروي، شركت مؤلفان و مترجمان ايران، تهران، 1361، بخش دوم ،ص436)
د رمسالك و ممالك استخري كه تأليف آن به سال 346 هجري قمري است و بر اساس مطالب صوره الاقاليم كه به سال 322 هجري قمري تأليف شده ، به رشته تحرير در آمده است ، چنين مي خوانيم : و طبسين كمتر از قاين است . در خت خرما دارد و در شمار گرمسير است و حصاري دارد ، و قهندژ ندارد و آب از كاريز بردارند .و در جايي ديگر م يگويد : و طبس بزرگتر از ينابذ است ، و آب كاريز دارند و حصاري ويران دارد . اين بدان معني است كه در اين زمان حصاري كه در قرون اوليه وجود داشته ، خراب شده و نيز تأكيدي است بر اين كه د رداخل حصار از ابتدا نيز كهندژ وجود نداشته است و بارو و يا دژِ كه در فتوح البلدان از آن ياد شده ، تنها به صورت چهار ديوار بوده كه م يتوانسته جايگاههاي محدودي براي اقامت و براي نگهداري چهارپايان باشد. حمد الله مستوفي در نزهه القلوب مي نويسد : طبس مسينان از اقليم سيم است . شهري كوچك است و گرمسير است و گرمسير و در او نخيلات فراوان بود و آبش از كاريز ... در فتوح البلدان كه در قرن سوم هجري قمري تأليف شده ، در ارتباط با عزيمت نيروهاي مسلمان به اين شهر را پس از چگونگي ورود سردار سپاه اسلام به نام عبداله مي گويد : او به كرمان رفت و از آنجا به طبسين شد . طبسين را دو باروست كه يكي را طبس گويند و ديگري را كرين . آنجا گرمسير است و داراي نخلستانها و آن دو دژ خراسان است . اطلاق لفظ طبس تمر نيز بي ارتباط به درختان فراوان خرماي اين شهر نيست . چنان كه احسن التقاسيم مقدسي كه در اوايل قرن چهارم هجري قمري تأليف شده آمده است : طبس خرما ، دژي دارد . حجازي نماست . بازارش كوچك و جامعش خوب است. از آب انبارها كه از كاريز روباز پر مي شود ، مي آشامند ... (مقدسي ، احسن التقاسيم ، ترجمه علي نقي متروي ، شركت مؤلفان و مترجمان ايران ، چاپ اول ،ص471) د رحال حاضر نيز اين شهر سراسر پوشيده از درختان خرماست و شايد زيبايي اين شهر هم از همين درختان سر به فلك كشيده و پر ثمر خرماست كه بعد از طي مسافتها در كوير خشك و لم يزرع انسان به وادي سرسبز و بهشتي طبس رهنمون مي شود.
"ناصر خسرو نيز درباره طبس مي گويد : در آن خرماستانها باشد و بساطين . هم اكنون نيز درخراسان ، طبس به خرماي فراوان شناخته مي شود . اطلاق طبس گيلك كمتر از موارد ديگر در منابع مورد اشاره قرار گرفته است . المعاني نخستين كسي كه كلمه گيلك را براي طبس التمر به كار برده است ." (آموزگار ، اسماعيل، تاريخ مختصر خراسان، ص87-86(